摘要:2020年6月24日美國癌癥研究協(xié)會(AACR)年會閉幕。
2020年6月24日美國癌癥研究協(xié)會(AACR)年會閉幕。剛剛于6月19日在納斯達克達成全球癌癥精準醫(yī)學(xué)領(lǐng)域最大IPO的泛生子(Nasdaq: GTH),在會議期間發(fā)布了14項國際領(lǐng)先的臨床研究成果,其多項原研技術(shù)的性能及被廣泛應(yīng)用在多個癌種備受關(guān)注。而這些基礎(chǔ)科研和技術(shù)創(chuàng)新的優(yōu)勢,也被學(xué)術(shù)圈之外的投資者看做是其未來商業(yè)化發(fā)展的強勁動力,畢竟對于泛生子這樣的科創(chuàng)企業(yè)的來說,原研技術(shù)開發(fā)實力才是發(fā)展內(nèi)核。
文章題目 | Abstract Number | |
1 | Genetic profiling of cerebrospinal fluid cfDNA from NSCLC patients with leptomeningeal metastases reveals EGFR-TKIs resistant mutations independent of extracranial lesions | 723 |
2 | Prognostic implications of tumor CD47 expression and tumor-associated macrophages in non-small cell lung cancer | 2628 |
3 | Chromosomal Instability of Circulating tumor DNA Predicts Response to Neoadjuvant Chemotherapy in Gastric Cancer | 1991 |
4 | Tumor Mutation Burden combined with Tumor Markers as Predictive Prognostic Biomarkers for Neoadjuvant Chemotherapy in Patients with Gastric Cancer | 3832 |
5 | An amplicon sequencing based all-in-one genetic testing panel for molecular classification and guiding individualized treatment of brain cancer | 743 |
6 | NF-KB participates in regulation of immune infiltrates in glioma | 2751 |
7 | Methylation MGMT gene promoter analysis based on a high throughput method combines bisulfite conversion with amplicon sequencing | 3186 |
8 | Mechanism of natural progression from low grade glioma to glioblastoma: A case report | 5938 |
9 | Molecular-Subtype-Specific Biomarkers Improve Prediction of Temozolomide Therapy in Low Grade Gliomas | 7999 |
10 | A Multicenter, Prospective Evaluation of Urine-Based ctDNA Assay for Urinary Cancers Diagnosis | 2296 |
11 | A Urine-based liquid biopsy Method for Detection of upper tract urinary carcinoma | 3608 |
12 | Comprehensive characterization of non-reference allele occurring in high throughput sequencing of tumor sample | 2110 |
13 | Combining targeted sequencing and ultra-low pass WGS for accurate SCNA detection on tumor sample of biased aneuploidy | 2671 |
14 | Targeted RNA-Capseq provides new insight into clinical fusion detection | 5181 |
美國癌癥研究協(xié)會年會(AACR)是全球首屈一指的癌癥研究學(xué)術(shù)會議。作為世界上創(chuàng)立最早、規(guī)模最大的專注于癌癥研究的科學(xué)組織,美國癌癥研究協(xié)會年會匯集了全球癌癥診療領(lǐng)域最前沿的研究成果。受全球新冠疫情影響,今年大會選擇以線上網(wǎng)絡(luò)會議這一特殊形式舉辦。
據(jù)了解,在本次AACR網(wǎng)絡(luò)年會上,泛生子與中國十余家頂尖腫瘤醫(yī)院及研究中心合作的研究成果,包括中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院、301醫(yī)院、北京天壇醫(yī)院等。而這些研究成果覆蓋肺癌、腦癌、胃癌、泌尿系統(tǒng)腫瘤等多個高發(fā)癌種,其中涉及液體活檢、癌癥早篩、融合基因檢測等熱門前沿技術(shù),并在膠質(zhì)瘤、尿路上皮癌、腦膜轉(zhuǎn)移瘤等癌種的研究中取得了關(guān)鍵技術(shù)突破,其中重要的數(shù)據(jù)產(chǎn)出也填補了部分研究領(lǐng)域的空白。
合作醫(yī)院 | 中國人民解放軍總醫(yī)院(301醫(yī)院)、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京天壇醫(yī)院、中山大學(xué)附屬第六醫(yī)院、北京大學(xué)國際醫(yī)院、陸軍軍醫(yī)大學(xué)第一附屬醫(yī)院、上海仁濟醫(yī)院等 |
涉及癌種 | 肺癌、胃癌、腦腫瘤、泌尿系統(tǒng)腫瘤等 |
研究領(lǐng)域 | 精準診斷、新輔助化療預(yù)后及療效評估、免疫治療、耐藥監(jiān)測等 |
關(guān)鍵技術(shù) | 一步擴增技術(shù)(“一步法”)、液體活檢低頻突變檢測技術(shù)、高級機器學(xué)習(xí)技術(shù)(生物信息算法優(yōu)化)、未知融合基因檢測技術(shù)等 |
眾所周知,納斯達克偏愛技術(shù)研發(fā)能力強的科創(chuàng)型企業(yè)。科創(chuàng)企業(yè)能否受到國際資本的青睞,就在于它能否開發(fā)出有引領(lǐng)和推動行業(yè)發(fā)展的明星技術(shù)。
泛生子自主研發(fā)的“一步法”專利技術(shù),在先進性、實用性方面都居于國際領(lǐng)先水平,并因極強的可拓展性賦能眾多技術(shù)平臺,不斷刷新著國內(nèi)外專業(yè)人士的認知和期待。
在此次會議中,泛生子公布了依托“一步法”原研技術(shù)開發(fā)的腦癌檢測產(chǎn)品的臨床研究數(shù)據(jù)。該產(chǎn)品將膠質(zhì)瘤相關(guān)多個驅(qū)動基因和1p/19q共缺失變異合并檢測,與常規(guī)檢測方法相比,所需檢測樣本更少,且結(jié)果高度一致。在另一個研究中,泛生子與研究團隊依托“一步法”巧妙地將亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)換與MGMT基因啟動子的擴增子測序相結(jié)合,以分析MGMT啟動子甲基化狀態(tài),與金標準檢測方法結(jié)果一致率高達94.4%。據(jù)悉,泛生子已基于一步法技術(shù)開發(fā)了一系列的產(chǎn)品,涵蓋除腦癌在內(nèi)的膀胱癌和肺癌液體活檢、甲狀腺癌細針穿刺檢測等。
利用液體活檢技術(shù)進行癌癥診斷及早篩,是近年癌癥精準醫(yī)療領(lǐng)域非常熱門的研究方向。但作為新興技術(shù),國內(nèi)外獲批的液體活檢產(chǎn)品還寥寥可數(shù)。而作為國內(nèi)該領(lǐng)域頭部企業(yè),泛生子已經(jīng)推出了多個液體活檢服務(wù)和產(chǎn)品,用于癌癥診斷、早期檢測和監(jiān)測。其中泛生子研發(fā)的液體活檢低頻突變檢測技術(shù),可檢測罕見基因突變,為DNA添加獨特身份標記接頭(Barcord),有效濾除PCR擴增和NGS測序所產(chǎn)生的假陽性錯誤,以實現(xiàn)高保真檢測低頻突變。此外,液體活檢低頻突變檢測技術(shù)結(jié)合“一步法”可大幅減少文庫構(gòu)建過程中原始ctDNA分子的損失,提高高靈敏度和特異性,并能在血液、腦脊液、尿液等多種樣本中應(yīng)用。
相比傳統(tǒng)的文庫構(gòu)建和富集實驗技術(shù)的十多個復(fù)雜步驟,“一步法”只需要一輪PCR反應(yīng),最大限度地減少了操作時間和污染風(fēng)險,將文庫構(gòu)建的總時間降低到1.5小時,相比傳統(tǒng)的雜交捕獲建庫技術(shù)的24個小時和多重PCR建庫技術(shù)的8 個小時大為縮減,使其更加方便低成本地在醫(yī)院內(nèi)部運行。
人類8基因突變聯(lián)合檢測試劑盒(國械注準20203400072),首款獲批搭載泛生子“一步法”的肺癌臨床診斷試劑盒,一次性檢測與非小細胞肺癌患者靶向治療密切相關(guān)的8個基因突變和融合—EGFR / ALK / ROS1 / BRAF / KRAS / HER2 / MET / PIK3CA
此次AACR匯集的眾多研究成果中,泛生子基于腦脊液、尿液樣本對腦膜轉(zhuǎn)移瘤、尿路上皮癌的研究非常值得關(guān)注。
EGFR突變陽性的非小細胞肺癌患者更易發(fā)生腦膜轉(zhuǎn)移,而發(fā)生腦膜轉(zhuǎn)移的患者預(yù)后較差。雖然EGFR-TKIs治療能顯著提高患者的總生存率,但許多患者不可避免地產(chǎn)生獲得性耐藥,這對伴有腦膜轉(zhuǎn)移的非小細胞肺癌患者的治療是一個巨大的挑戰(zhàn)。近年來,研究顯示腦脊液cfDNA比血漿cfDNA更能體現(xiàn)腦膜轉(zhuǎn)移患者的基因突變狀態(tài)?;诖耍芯繄F隊基于對腦脊液及外周血樣本,對31名攜帶EGFR突變,且在被診斷為腦膜轉(zhuǎn)移瘤(LM)之前至少接受了6個月EGFR-TKIs治療的非小細胞肺癌腦膜轉(zhuǎn)移患者進行檢測。結(jié)果表明,與既往研究一致,原發(fā)灶所有驅(qū)動基因突變均在腦脊液cfDNA中檢測到,而血漿cfDNA中僅檢測到56.8%的驅(qū)動基因突變。在EGFR-TKIs治療過程中,非小細胞肺癌腦膜轉(zhuǎn)移患者顱內(nèi)獲得性耐藥突變與顱外病灶無關(guān)。由此可知,腦脊液cfDNA和血漿cfDNA的配對檢測可輔助腦膜轉(zhuǎn)移的非小細胞肺癌患者做出臨床決策。
泛生子于2018年發(fā)表在《Acta Neuropathologica》的研究成果,提出腦脊液循環(huán)腫瘤DNA(CSF-ctDNA)檢測法相對組織活檢,在腦干膠質(zhì)瘤的檢測上更便捷、可靠、安全。該成果填補了國際腦干膠質(zhì)瘤液體活檢領(lǐng)域空白,成為近年來腦干膠質(zhì)瘤診療最重要的突破之一。
目前,尿路上皮癌患者雖可在術(shù)前通過輸尿管鏡、膀胱鏡進行病理診斷,但因此增加的創(chuàng)傷和感染風(fēng)險,及其檢查后與周圍組織粘連的可能性也明顯增加,并可能導(dǎo)致腫瘤擴散及術(shù)后復(fù)發(fā)。研究團隊基于尿液樣本,對150例血尿患者和100例健康人進行對比檢測,實現(xiàn)了94%的靈敏度和96%的特異性;而在另一項相關(guān)研究中,研究團隊基于尿液樣本,對109例血尿患者進行檢測,結(jié)果表明總體靈敏度、特異性、NPV和PPV分別為83.5%、90.0%、67.5%和95.7%。泛生子基于尿液樣本開發(fā)的尿路上皮腫瘤風(fēng)險基因檢測panel展現(xiàn)了優(yōu)越的產(chǎn)品性能,使其有望成為尿路上皮癌輸尿管鏡、膀胱鏡的臨床替代產(chǎn)品。
在癌癥早篩領(lǐng)域,泛生子的研發(fā)成果及商業(yè)化節(jié)奏處于行業(yè)領(lǐng)先水平。
泛生子開發(fā)的Mutation Capsule技術(shù)可檢測廣泛的ctDNA變異類型,包括如SNV(單核苷酸位點變異)和小片段插入及缺失(Indels)等簡單變異,也包括如染色體易位、HBV整合、拷貝數(shù)變異、甲基化變化等復(fù)雜變異。該技術(shù)只需極少血樣,就能在不犧牲靈敏度的情況下對一個ctDNA樣品進行多種測試,解決了在多個不同回顧性研究中測試新的生物標志物的問題。據(jù)招股書披露,泛生子已經(jīng)在肝癌早篩領(lǐng)域與國家癌癥中心合作,啟動大規(guī)模前瞻性隊列研究,并加入科技部主導(dǎo)的肝癌、肺癌和消化道癌數(shù)個國家重大專項。泛生子在乙肝病毒攜帶者前瞻性隊列中進行肝癌早篩的研究成果,是唯一發(fā)表在國際頂級學(xué)術(shù)期刊的基于前瞻性隊列的研究成果,技術(shù)指標和性能處于世界領(lǐng)先地位。泛生子目前正在推進肝癌早篩產(chǎn)品的研發(fā)和注冊申報,有望成為中國癌癥早篩領(lǐng)域首個獲落地審批用于臨床的市場化產(chǎn)品。
2019年3月,泛生子在乙肝病毒攜帶者前瞻性隊列中進行肝癌早篩的研究成果發(fā)表于《美國科學(xué)院院刊》(PNAS)
隨著高通量基因測序技術(shù)的逐漸普及,對海量的測試數(shù)據(jù)進行大規(guī)模的數(shù)據(jù)分析是癌癥基因檢測面臨的又一課題。泛生子在數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域引入了高級機器學(xué)習(xí)技術(shù),利用自主研發(fā)算法來優(yōu)化大多數(shù)NGS產(chǎn)品中的變量調(diào)用流程,將變量調(diào)用程序的靈敏度從95.6%提高到97.9%,精度從97.4%提高到98.6%;此外,泛生子還開發(fā)了自動化變量審閱器mutNET,取代基于機器學(xué)習(xí)框架的手動變量審閱過程。mutNET減少了手動審閱過程中由于人為判斷造成的可變性,并節(jié)約了95%的審閱時間,為處理海量數(shù)據(jù)提供了技術(shù)保障。
空談技術(shù)創(chuàng)新而無法達成其成果轉(zhuǎn)化及商業(yè)化,是很多所謂“PPT”、“噱頭”型科創(chuàng)企業(yè)難以走出的困境。與之相反,泛生子著力推動轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究,基于多項國際領(lǐng)先的技術(shù)成果,打造了“LDT+IVD”雙軌并行的業(yè)務(wù)模式,服務(wù)及產(chǎn)品覆蓋從癌癥早篩到診斷及治療指導(dǎo),再到監(jiān)測及預(yù)后管理的癌癥全周期,涉及中國前10大高發(fā)癌癥中的8種。在IVD產(chǎn)品開發(fā)方面,泛生子目前已有七款產(chǎn)品獲 NMPA 批準應(yīng)用于臨床,覆蓋NGS、dPCR 和qPCR 三大技術(shù)平臺。目前在獲批IVD產(chǎn)品的數(shù)量上,泛生子處于行業(yè)內(nèi)的絕對領(lǐng)先地位。在檢測服務(wù)方面,泛生子已于國內(nèi)500余家醫(yī)院實現(xiàn)廣泛覆蓋,服務(wù)數(shù)萬名患者,力推其創(chuàng)新技術(shù)在臨床診療中快速普及和應(yīng)用,讓更多患者從中獲益。
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